Кафедра создана в мае 1997 года на базе двух кафедр - кафедры фармакологии и кафедры клинической фармакологии и фармакотерапии.
Кафедрой руководили:
Май 1997 г. - ноябрь 2003 г. - к.м.н., доцент Воронов Геннадий Геннадьевич.
Декабрь 2003 г. - январь 2010 г. – д.м.н., профессор Сачек Марина Михайловна.
С января 2010 г. по настоящее время кафедрой руководит доктор медицинских наук, профессор Конорев Марат Русланович.
История кафедры является историей кафедр, её родоначальников: фармакологии и клинической фармакологии и фармакотерапии. Главным мотивом этого объединения явилась необходимость в создании более оптимальных условий интеграции стратегических и тактических задач фармакологического образования студентов лечебно-профилактического и фармацевтического факультетов. Кроме того, к этому времени значительно увеличился и набор слушателей на цикл «Действие и применение лекарств». В связи с этим возникла необходимость открытии отдельного курса постдипломной подготовки провизоров по фармакологии. Этот курс и был открыт при вновь образованной кафедре. Коллектив кафедры активно участвует в проведении научных исследований. С ноября 1999 года кафедра занимается клиническими испытаниями. Проведено 31 исследование биоэквивалентности ЛС, 5 исследований IV фазы клинических испытаний; 2 исследования I-II фазы клинических испытаний. Была опубликована Инструкция по расчетам параметров фармакокинетики при проведении биоэквивалентных исследований.