В настоящее время факультет повышения квалификации и переподготовки кадров осуществляет подготовку и повышение квалификации на 30 кафедрах:
- кафедра репродуктивной медицины, акушерства и гинекологии ФПК и ПК
- кафедра доказательной медицины и клинической диагностики ФПК и ПК
- кафедра внутренних болезней и ультразвуковой диагностики ФПК и ПК
- кафедра информационных технологий
- кафедра медицинской реабилитации с курсом ФПК и ПК
- кафедра общественного здоровья и здравоохранения с курсом ФПК и ПК
- кафедра фармации ФПК и ПК
- кафедра педиатрии №2 с курсом ФПК и ПК
- кафедра госпитальной терапии и кардиологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра госпитальной хирургии с курсом ФПК и ПК
- кафедра анестезиологии и реаниматологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра клинической иммунологии и аллергологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра общей и клинической биохимии с курсом ФПК и ПК
- кафедра общей и клинической фармакологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра онкологии с курсами ФПК и ПК
- кафедра патологической анатомии и судебной медицины с курсом ФПК и ПК
- кафедра фармацевтических технологий с курсом ФПК и ПК
- кафедра факультетской терапии и кардиологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра психиатрии и наркологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра фтизиопульмонологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра инфекционных болезней с курсом ФПК и ПК
- кафедра пропедевтики внутренних болезней
- кафедра общей хирургии
- кафедра терапевтической стоматологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра челюстно-лицевой хирургии и хирургической стоматологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра общей и ортопедической стоматологии с курсом ФПК и ПК
- кафедра дерматовенерологии и косметологии
- кафедра акушерства и гинекологии
- кафедра стоматологии детского возраста и ортодонтии с курсом ФПК и ПК
- филиал кафедр анестезиологии и реаниматологии с курсом ФПК и ПК и госпитальной хирургии с курсом ФПК и ПК