С первых дней основания кафедры на её базе проводится научно-исследовательская работа. За 75 летний отрезок времени менялись научные направления, что было обусловлено эпидемиологической ситуацией в республике.

Богатый клинический и научно-исследовательский опыт сотрудников кафедры, с одной стороны, и не снижающийся в последние годы уровень заболеваемости кишечными инфекциями, нейроинфекциями, герпетической инфекцией, ОРВИ - с другой определили направления в научной работе. В настоящий момент проводятся исследования по изучению патогенеза данных заболеваний, методов диагностики, что позволяет разработать рациональные схемы и методы лечения пациентов. Несмотря на кажущуюся, на первый взгляд,политематичность научных изысканий, проводимых на кафедре инфекционных болезней, все они объединены единой кафедральной тематикой: «Разработка рациональных методов диагностики инфекционных болезней и лечения пациентов с инфекционной патологией», проводимой в рамках государственных научно-технических программ.

Проведенные под руководством и при непосредственном участии Валерия Михайловича Семенова клинико-экспериментальные исследования позволили разработать и внедрить в практику принципиально новые схемы этиотропной терапии пациентов с острыми кишечными инфекциями и язвенной болезнью. С использованием молекулярно-генетических методов были установлены причины возникновения вспышек внутрибольничного сальмонеллеза и обнаружен единый для Республики Беларусь клон сальмонелл, проявляющий необычную резистентность к антибиотикам, отличную от большинства регионов мира, определены наиболее эффективные с клинической и фармакоэкономической точек зрения препараты выбора при проведении эмпирической терапии бактериальных кишечных инфекций (Т.И.Дмитраченко, И.В.Жильцов, Д.Н.Лавринович, Е.В.Крылова). Разработаны алгоритмы по индивидуальной эрадикационной терапии при язвенной болезни, ассоциированной с H.pylori (И.И.Бураков, К.А.Ходьков).

Проведенные под руководством В.М.Семенова молекулярно-генетические исследования позволили выявить наиболее эпидемически значимые генотипы возбудителя туберкулеза, циркулирующие на территории Республики Беларусь, включенные в международный банк данных (Н.В.Василенко). Данные исследования позволили разработать эмпирические режимы полихимиотерапии пациентов с туберкулезом с индивидуальными факторами риска развития резистентности возбудителя на начальном этапе лечения. Проведенные иммунологические исследования позволили скорректировать иммунотерапию при тяжелых формах туберкуллеза легких (А.М.Будрицкий) и разработать эффективную систему профилактики гриппа и других ОРИ у пациентов с туберкулезом (И.В.Кучко).

Впервые проведенные в Республике Беларусь исследования по резистентности основных респираторных патогенов позволили создать рациональные схемы применения антибактериальных препаратов при лечении пациентов с инфекциями дыхательных путей и ЦНС (Т.И.Дмитраченко, С.М.Логвиненко, В.В.Скворцова, С.К.Зенькова), разработать систему прогнозирования течения ОРИ (Д.Е.Шаряков).
Целый ряд научных исследований, выполняемых на кафедре под руководством В.М.Семенова, посвящен усовершенствованию методов лечения хламидийной(А.В.Томчина, Д.М.Семенов) и герпетической инфекций (В.М.Козин, И.М.Арестова. Н.Ф.Акулич, Д.В.Карелин) на основе глубокого изучения иммуно-патогенетических механизмов их развития. Валерием Михаиловичем впервые в Республике Беларусь была применена герпетическая вакцина, включенная в схемы лечения пациентов с герпетической инфекцией, что позволило значительно уменьшить длительность рецидивов или полностью избежать их.

На кафедре инфекционных болезней под руководством В.М.Семенова проводится работа по совершенствованию методов лечения пациентов с гельминтозами (Л.Э.Бекиш, А.Салех).

В последние годы сфера научных интересов кафедры вплотную затрагивает вопросы патогенеза инфекционных заболеваний, касающихся иммунобиологической резистентности к проводимой антибактериальной терапиии при развитии тяжелых форм.

Особый раздел работы кафедры инфекционных болезней составляет разработка новых методов диагностики заболеваний человека и методов контроля эффективности проводимой терапии. Под руководством профессора В.М.Семенова созданы тест-системы: «Биолактам», «D-лактам», тест-системы для количественного определения РНК вируса гепатита С, ДНК вируса гепатита В, ДНК – цитомегаловируса, ДНК- вируса Эпштей-Барра, парвовируса 19, тест-системы для определения экспрессии генов онкогенности при раке молочной железы, толстого кишечника, лимфобластного лейкоза. Разработанные тест-системы внедрены в учреждения здравоохранения Республики Беларусь, Российской Федерации, Казахстана, Узбекистана, Киргизии в странах ЕС.

Дважды за создание тест-систем сотрудники кафедры являлись победителями в конкурсах «Лучший инновационный проект Республики Беларусь» (2011, 2013 гг.).

За последние годы на кафедре инфекционных болезней подготовлено 38 диссертационных работ (6 докторских и 26 кандидатских диссертацийпод руководством профессора В.М.Семенова и 1 докторская и 4 кандидатских диссертаций под руководством профессора Т.И.Дмитраченко).

Кафедра инфекционных болезней проводит совместные научные исследования с кафедрами инфекционных болезней Военно-медицинской академии (Санкт-Петербург), НИИ детских инфекционных болезней (Санкт-Петербург), медицинской академией им. Сеченова (Москва), РНПЦ эпидемиологии и микробиологии (Минск), НИИ антимикробнойхимиотерапии Смоленской медицинской академии, НИИ микробиологии и инфекционной эпидемиологии Лейпцигского университета, Федеральным центром биологических исследований Германии «Биосити», поддерживает творческие контакты с кафедрой инфекционных болезней, тропической медицины и эпидемиологии Российского государственного медицинского университета (Москва), кафедрой инфекционных болезней и тропической медицины Санкт-Петербургского государственной медицинской академии им. И. И. Мечникова, кафедрами инфекционных болезней Гродненского, Белорусского медицинских университетов, кафедрой инфекционных болезней БелМАПО. Творческие связи способствуют оптимизации научных исследований и подготовки кадров. Результаты научных исследований сотрудников кафедры высоко оценивались на республиканских и международных конференциях, симпозиумах, съездах (Австрия, Испания, Германия, Дания, Нидерланды, Польша, Израиль, США, Российская Федерация, Украина, Узбекистан, Казахстан, Киргизия и др.).

Изданные монографии:

1. Краснушная инфекция / В. М. Семенов, А. А. Астапов, Т. И. Дмитраченко. - Мн.: Оракул, 1994. - 143 с.
2. Сальмонеллезы, клинико-эпидемиологические и микробиологические аспекты терапии / Т.И.Дмитраченко, В.М.Семенов. - Витебск. гос. мед. ун-т. - Витебск: Изд-во ВГМУ, 2002. - 172 с.
3. Язвенная болезнь, ассоциированная с Helicobacterpylori (патогенез, диагностика, лечение) / И. И. Бураков, В.Т. Ивашкин, В.М. Семенов. - Витебск. гос. мед. ун-т. - Витебск: РИПЦ ВГМУ, 2002. - 144 с.;
4. Рецидивирующая герпетическая инфекция в репродуктивной и перинатальной патологии / И.М. Арестова, С.Н. Занько, В.М. Семенов. - Витебск. гос. мед. ун-т. - Витебск, 2003. - 146 с.
5. Хламидийная инфекция / В.М.Семенов, В.М.Козин, Т.И.Дмитраченко. – М. Медицина. 2005. – 389 с.
6. Острый тонзиллит, диагностика, клиника, лечение и профилактика у военнослужащих / С.М.Логвиненко, В.М.Семенов. - Витебск. гос. мед. ун-т. - Витебск: РИПЦ ВГМУ, 2007. - 65 с.
7. Острые инфекционные поражения дыхательной системы / В.М.Семенов, Т.И.Дмитраченко, С.К.Зенькова, В.В.Скворцова, С.М.Логвиненко. – М. Медицина. 2008. – 174 с.
8. Устойчивость к бета-лактамным антибиотикам: природа и клиническое значение / И.В. Жильцов, В.М. Семенов, Т.И. Дмитраченко - Витебск: издательство ВГМУ. – 2011. – 187 с.

За последние 15 лет сотрудниками кафедры опубликовано более 400 работ, получено 5 патентов.

Диссертационные работы, защищенные сотрудниками кафедры за последние 10 лет:

Ляховская Наталья Владимировна – в 2014 году защитила кандидатскую диссертацию на тему «Клинико-эпидемиологическая характеристика и обоснование выбора терапии и профилактики ротавирусной инфекции у детей».

Хныков Алексей Михайлович – в 2014 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Клинико-эпидемиологические особенности аденовирусной инфекции, методы терапии и профилактики».

Егоров Сергей Константинович – в 2017 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Особенности применения бета-лактамных антибиотиков у пациентов с инфекционными поражениями нижних дыхательных путей».

Лятос Игорь Александрович – в 2019 году защитил кандидатскую диссертацию на тему «Клиннико-эпидемиологические особенности вирусных гепатитов у военнослужащих, методы диагностики».